Το Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα στην Ειδική Εκπαίδευση στοχεύει στην παροχή γνώσεων και δεξιοτήτων, τόσο σε θεωρητικό όσο και σε πρακτικό επίπεδο, οι οποίες είναι απαραίτητες για την εκπαίδευση και υποστήριξη των μαθητών με ειδικές εκπαιδευτικές ανάγκες στα γενικά και τα ειδικά σχολεία. Στοχεύει στην παροχή γνώσεων, στην ευαισθητοποίηση, και στην εκπαίδευση πτυχιούχων Παιδαγωγικών και άλλων Πανεπιστημιακών Τμημάτων σε θέματα Ειδικής Ενταξιακής Εκπαίδευσης. Το πρόγραμμα αυτό θα παρέχει επιστημονική ενημέρωση όσον αφορά τον εντοπισμό, την αξιολόγηση αλλά και την αντιμετώπιση παιδιών με ειδικές ανάγκες μέσα στο γενικό σχολείο (γενική τάξη, ειδική μονάδα, ή εξατομικευμένη ειδική εκπαίδευση) αλλά και σε άλλους χώρους παροχής ειδικής εκπαίδευσης. Το παρόν Πρόγραμμα θα δώσει επίσης την ευκαιρία για την διεξαγωγή ερευνητικών έργων σε ένα τομέα στον οποίο δεν έχουν διεξαχθεί πολλές έρευνες μέχρι σήμερα, τουλάχιστον στον Κυπριακό χώρο.